Od nové verze IISEkonom 6.2 funguje též automatické nahrávání nejnovějších verzí IIS Ekonom. V případě použití instalace se serverem stačí naplánovat spouštění aktualizační aplikace na noční hodiny a o vše se postará. V případě instalace na lokálním počítači je aktualizace spouštěna ikonou na pracovní ploše. Informace o nových verzích včetně popisu změn jsou nadále posílány emailem a zároveň na ně upozorňuje i samotný program.